Trwale w historyczną tożsamość Karczówki zapisuje się „rok krwawej zamieci sześćdziesiąty trzeci” XIX wieku. W styczniową noc, podczas wybuchu powstania Karczówka była punktem zbornym powstańców przed uderzeniem na garnizon rosyjski stacjonujący w Kielcach. Pod wodzą Wojciecha Biechońskiego zebrało się dwustu ochotników.

Powstańcy, słabo przygotowani do ataku, pozbawieni zapowiadanego wsparcia, złożyli „daninę krwi”, mimo, iż do ataku nie doszło… Kilku powstańców, którym nie udało się w porę wycofać, zostało straconych przez Kozaków. Wydarzenia te upamiętnia znajdujący się za murem klasztornym, na północno-zachodnim stoku wzgórza obelisk z krzyżem.

Jak podkreślają źródła historyczne, Karczówka odegrała ważną rolę w funkcjonowaniu cywilnych władz powstańczych. Jeszcze w schyłkowym czasie powstania styczniowego (początek 1864 roku), pokrywający wzgórze Karczówki las dawał schronienie działającym w pobliżu Kielc powstańcom.

Powiązanie klasztoru na Karczówce z ruchem powstańczym wpłynęło na fakt, że dom o.o. bernardynów znalazł się liście przewidzianych do likwidacji klasztorów w ukazie carskim z 27 października 1864 roku. Miesiąc później nieruchomości klasztoru stały się własnością państwa, zaś ojców bernardynów przeniesiono do klasztoru w Wielkowoli (Paradyżu). W poklasztornym gmachu władze umieściły archiwum sądowe, zaś przy kościele władze duchowne utworzyły rektorat.