W 1945 roku biskup Kaczmarek zaproponował prowincjałowi pallotynów objęcie pobernardyńskiego klasztoru przez Stowarzyszenie Apostolstwa Katolickiego. Propozycja ta mogła być zrealizowana dopiero po przewrocie październikowym w 1956 roku. Pallotyni przybyli na Karczówkę w październiku 1957 roku.

Już w latach sześćdziesiątych zostały przeprowadzone prace budowlane i konserwatorskie zarówno w kościele, jak i na terenie budynków klasztornych. Księża pallotyni prowadzili działalność duszpasterską, a także systematyczną katechizację młodzieży szkolnej, administrowali sakramenty, głosili kazania. Zgodnie z tradycjami Stowarzyszenia Apostolstwa Katolickiego, księża pallotyni organizowali formy duszpasterstwa ukierunkowane na młodzież, ludzi starszych i chorych. W latach siedemdziesiątych wprowadzili przy kościele na Karczówce nabożeństwa fatimskie, nabożeństwa do Najświętszej Maryi Panny Nieustającej Pomocy. Ponadto rozwijali duszpasterstwo dobroczynności, akcję wstrzemięźliwości, organizowali kursy przedmałżeńskie. Różnorakie formy pracy księży pallotynów na Karczówce są kontynuowane i rozwijane po dzień dzisiejszy.