Położenie kościoła na Karczówce jest odmienne od tradycyjnego: prezbiterium usytuowano po stronie zachodniej. Tłumaczy się to chęcią oparcia głównego ołtarza na szczycie skały wapiennej, która wchodzi od wnętrza kościoła pod prezbiterium.

W jednonawowym kościele szczególną uwagę zwraca ołtarz główny, wykonany z wapienia wydobytego w jednym z najstarszych świętokrzyskich marmurołomów – w Bolechowicach. W centralnej części ołtarza znajduje się wykonany na miedzianej blasze obraz św. Karola Boromeusza, zaś ponad nim – wizerunek Świętego Kazimierza.